Il eut pour professeur le Sandaime Sarutobi, tout comme Tsunade et Jiraya. Il était le plus prometteur du trio hors-pair des Sannin : son ambition et ses prédispositions l'amenèrent à se penser le successeur légitime de Sarutobi au titre de ''Hokage''. D'ailleurs, étant le plus doué des Sannin, Sarutobi disait même de lui que son génie serait un atout majeur pour le village, qu'il avait un talent tel qu'il n'en apparaît que quelques uns par siècle. Sandaime Sarutobi voulait depuis très longtemps d'ailleurs qu'Orochimaru lui succède en tant que Hokage, mais voyait en lui son ambition et son désir malsain de puissance il refusa qu'il lui succède

 

Ayant formé le villages d'Oto dans le Pays du riz (village caché du son au pays du riz), on peut lui imputer nombre d'élèves. Cependant, le seul de ses anciens disciples dont nous ayons actuellement connaissance est Anko Mitarashi, disciple dont il se séparera, prétendant un manque de talent. Plusieurs épisodes des épisodes HS de l'anime traitent de cette relation précise.
Il a aussi entraîné le quartet d'Oto qui était constitué de: Kidômaru, Jirôbô, Sakon et Tayuya qui furent sous les ordres de Kimimaro. Ce dernier avait été choisit pour être le réceptacle qui devait accueillir l'âme d'Orochimaru mais cela n'a pû se faire à cause d'une maladie incurable.
Le quartet d'Oto constituait la garde rapprochée d'Orochimaru et était spécialisé dans les techniques de sceau et de jutsus défensifs

 

Quand Sandaime Sarutobi cherchait un ninja pour lui succéder dans le rôle de Hokage, Orochimaru s'estimait en droit de l'être. De fait, il était un ninja hors-pair, peut-être même le ninja le plus puissant de Konoha. Mais le Sandaime avait entrevu la face sombre de son disciple le plus doué, et ne put se résoudre à lui laisser le titre de Hokage. Il abandonna Konoha, où de toute manière il n'était plus le bienvenu car ses recherches en ''kinjutsu'' avaient été découvertes par [[Sandaime Sarutobi Sarutobi

 

Devenant très vite un criminel de rang S dans le Bingo Book, Orochimaru est amené à rejoindre l'Akatsuki, organisation secrète de ninjas renégats dans leurs villages respectifs. Dans l'organisation, Orochimaru était le n°5, placé juste après Sasori
Sa bague est Kuchin : l'Ether, portée à l'auriculaire gauche.

On ne connaît pas très bien les motivations qui l'ont poussé à rejoindre cette organisation, mais une rencontre qu'il y fera sera décisive : Itachi Uchiha Orochimaru tentera de s'emparer du corps et du Sharingan d'Itachi par le même rituel qu'il emploiera sur deux autres individus afin de s'emparer de leur corps, rituel qu'il utilisera en vain sur Sasuke dans ce même but. Itachi, le vaincra (chapitre 345), contrant son jutsu et lui tranchant la main gauche, que l'on peut voir dans son repère d'Oto. Orochimaru sera donc forcé de quitter Akatsuki, Deidara lui servira de remplaçant en tant que coéquipier de Sasori. Il est dorénavant clair pour lui que pour parvenir à la connaissance ultime de tous les jutsus, il lui faut aussi être détenteur du ''sharingan''. On sait maintenant d'où vient cet intérêt pour Sasuke, jeune frère d'Itachi, et à ce titre détenteur également du ''sharingan''

 

C'est après avoir quitté l'Akatsuki qu'il entreprend la création du village du son. Étant donné sa réputation, il est approché par des hauts dignitaires du pays pour le créer, ce qu'il fera. On peut suspecter que celui-ci ait été créé pour satisfaire à deux exigences : devenir enfin Kage, et avoir une arme pour prendre une revanche envers Konoha.

Les ninjas qui forment le village sont rencontrés durant les voyages d'Orochimaru, par exemple Kimimaro
Les ninjas d'Oto ont une dévotion sans bornes pour leur Chef
Cela s'explique quand, au fil des épisodes, leur rencontre avec Orochimaru est dévoilée: on comprend que celui-ci est, pour chacun d'entre eux, un sauveur, ou du moins la première personne qui leur ait tendu la main.

A l'inverse, Orochimaru semble ne voir en eux que des outils, nécessaire à ses plans, tout comme le ''sharingan'' est un outil nécessaire à sa soif de puissance (exception faite de Kabuto, pour lequel on peut suspecter un certain attachement, bien que ses connaissances médicales soient en elle-même une raison suffisante pour qu'Orochimaru tienne à l'avoir à ses côtés)

 

Orochimaru échafaude ses plans pour attaquer son ancien village, et pour cela s'allie au village des sables (Suna)
Il espère pouvoir utiliser Gaara pour semer le chaos
Il cherche en même temps à mettre la main sur Sasuke et son Sharingan, et commence à le confronter dès la seconde épreuve de l'examen Chuunin
Il rencontre ce faisant Naruto, et ajoute un sceau autour de celui qu'il possédait déjà pour l'empêcher d'utiliser le Chakra du démon à neuf queues
Il place aussi un sceau dans le cou de Sasuke, pour l'amener à rechercher du pouvoir auprès de lui

Il les confronte ensuite en leur envoyant des ninjas du son, que Sakura ne repousse pas bien longtemps
Son équipe étant en danger, elle doit sa survie à son amie et rivale, Ino, qui pousse le trio Ino-Shika-Cho à engager le combat
Les ninjas du son les vainquent également, mais grâce à son nouveau sceau Sasuke les met hors d'état de nuire

Durant les combats préliminaires à la dernière étape, Orochimaru tente d'approcher Sasuke à nouveau pendant que Kakashi essaie d'utiliser un sceau différent pour rendre celui d'Orochimaru inefficace Kakashi menace Orochimaru, ce dernier le nargue puis lui parle alors de Sasuke lui expliquant qu'il n'est en fait pas nécéssaire de le prendre de force puisque de toute manière il viendra à lui tot ou tard

La guerre qui suit les examens Chuunins ne dure cependant pas aussi longtemps que ne l'escomptait Orochimaru
Le village de Suna, réalisant sa traîtrise, reforme son alliance avec Konoha, et Orochimaru est à nouveau un traître recherché

Après avoir affronté son frère et réalisé l'énorme différence entre eux deux, Sasuke décide de rejoindre l'armée d'Orochimaru. Malgré les efforts de ses amis pour le garder à Konoha, et la mort de tous les serviteurs d'Orochimaru ayant pour mission de le ramener, il réussit à retrouver son chemin jusqu'à la cachette d'Orochimaru. Comme il arrive trop tard, Orochimaru est obligé d'utiliser un autre corps, et il intègre celui de Genyumaru

 

Durant les 3 années qui suivent, Orochimaru entraîne Sasuke, et avec Kabuto, ils voyagent d'une cachette à l'autre pour éviter d'être facile à retracer En effet, ils sont non seulement recherchés par des villages tels que Konoha ou Suna, mais également par l'organisation criminelle à laquelle Orochimaru avait précédemment adhéré, Akatsuki.

Il réapparaît lorsqu'il veut affronter son ancien collègue (et l'ancien maître de Kabuto), Sasori Trompé par Yamato, il affronte Naruto qui se transforme en Kyubi à 4 queues avant de repartir avec Sai

 

Après un duel contre Naruto (ayant sorti les quatre queues de Kyubi) avec qui il fait jeu égal, Sai lui fait miroiter l'espoir de reprendre sa guerre contre Konoha en lui apportant des informations primordiales sur les forces spéciales de Konoha et la garde rapprochée de l'Hokage
Il lui propose également une alliance avec Danzo, mais Orochimaru étant lui-même un maître en tromperie devine anguille sous roche
Après la disparition de Kabuto, il découvre Sai avec Naruto et tente de leur faire peur, mais plutôt que de chercher l'affrontement il demande à Naruto d'éliminer d'autres membres de l'Akatsuki avant de disparaître

Il réalise ensuite qu'ils en voulaient à Sasuke, et après avoir sauvé Kabuto, ils rejoignent le jeune homme pour disparaître avec lui et se rendre à une autre de leurs cachettes.Entre temps Orochimaru continue d'entrainer Sasuke mais plus le temps passe et plus ce dernier s'affaiblit
Dans le chapitre 344 on apprend que le vrai corps d'Orochimaru est un serpent blanc (il a fait des expériences sur son propre corps et chaque écaille est une tête de serpent blanc) d'après le Sandaime Hokage ses parents se seraient réincarnés aussi. Bien que battu par Sasuke, Orochimaru n'est pas complètement mort mais emprisonné dans le corps de Sasuke, piégé dans la propre dimension qu'il avait créé pour réaliser les transferts de son esprit vers de nouveaux corps Son pouvoir s'est révélé inefficace face au "Sharingan" de Sasuke, qui garde donc le contrôle de son propre corps
Bien que Sasuke arrivera à le vaincre, il ne faut pas oublier de mentionner qu'Orochimaru était mourant à ce moment et il est possible que si il était en pleine forme, il aurait pu vaincre Sasuke, vu son extraordinaire puissance

Il refait une apparition surprise dans le chapitre 356 en tant que "partie gauche de Kabuto Yakushi" qui affirme posséder désormais l'âme d'Orochimaru et pourra ainsi devenir plus puissant Cependant l'esprit d'Orochimaru progresse au sein du corps de Kabuto et en contrôle désormais 33%

 

Il est également encore vivant dans le corps de Sasuke car celui-ci le libère lorsqu'il se retrouve face à la technique ultime d'Itachi, Susanoo, à court de Chakra Malheureusement, le sort est contre lui, car, à peine sorti de l'hydre serpent que Sasuke invoque contre Susanoo, il se fait empaler sur l'épée de Totsuka et fond comme une glace pendant que son esprit est enfermé dans le Genjutsu

On peut supposer qu'il n'est pas mort car il est encorsé en Kabuto
Tout comme Pein, il peut partagé son esprit sur plusieurs corps