On le voit pour la première fois dans le chapitre 254 du tome 29, la où il attendait tranquillement Deidara et Sasori
Et au tome 40, on le voit pour la première fois sous l'apparence d'un jeune homme aux cheveux roux
Mais il faut pas fier au apparence, il est capable de transférer son esprit dans un autre corps, comme celle d'Orochimaru, mais celui ci est sans conséquence pour lui, on remarqué aussi que ses 6 corps gardent en commun des sortes de piercings noirs sur le nez, les oreilles et sur son corps, ça semblent être des récepteurs de Chakra
Il a des yeux particuliers contenant des cercles concentriques, le Kekkei genkai (Rinnegan), comme par exemple le Sharigan

Nous apprenons grâce au message codé de Jiraya que "le vrai n'est pas parmi eux"
Ce qui semble a croire que Nagato exerce un contrôle à distance sur les six cadavres dotés du Rinnegan
Confirmé au chapitre 429 quand Konan l'appelle Nagato

Son pays d'origine est bien Ame, village caché du Pays de la Pluie
C'est quelqu'un de très intelligent  il possède une grande connaissance du monde des Ninjas, et une grande connaissance en politique, d'économie et d'histoire

Durant son enfance, Pein qui sagit en réalité Nagato, qui est encore présent dans son corps d'origine, donc pas mort, avait de longs cheveux noirs dont les mèches couvraient les yeux
Tout comme Yahiko (qui est devenu Tendou) et Konan, il est devenu orphelin au cours d'une guerre de 5 grandes nations, et tous les trois vies seuls
Ils ont rencontré Jiraya qui était en mission à Ame et celui-ci est resté avec eux pour leur apprendre a ce défendre dans l'avenir
Quelque minuite plus tard après cette racontre, Yahiko fut attaqué par un Ninja d'Iwa (Pays de la terre), et c'est en allant le défendre que Nagato éveilla pour la première fois son Rinnegan, le plus puissant des dôjutsu (le seul à l'avoir possédé jusque là était le précurseur de tout shinobis, le Sage des 6 chemins, créateur du monde Ninja)

Il développe de plus en plus son Rinnegan pendant les 3 années où Jiraya les entraîne lui et ses amis, puis après le départ de celui-ci, ils se débrouillèrent seuls, faisait de temps à autre parler d'eux et des rumeurs couraient comme quoi ils étaient morts

 

Pein est respecté par tout les membres, sauf Hidan qui fais toujour qu'a ça tête
Selon Konan, il n'a jamais connu la défaite
A l'exception de celle de Tobi et de Zetsu, aucun des membres de l'organisation ne la réellement vue sur son vrai apparence sauf biensur Konan, Zetsu et Tobi

Dans son Pays, Pein est considéré comme un Dieu par ses alliés et Tobi le surnomme l'invincible Pein , mais il semble que personne n'a jamais vue son visage là bas
Il est dit qu'il possède le sang du personnage secondaire du clan Fûma
Seul un de ses corps le possède vraiment (Chikushoudou, dont le corps a été autopsié)

Il est également l'assassin du très puissant Hanzou, l'ancien chef d'Ame qui surpassait les trois Sannin réunis (a époque ou les Sannins n'étaient encore que des adolescents)

Il est extrêmement et très respecté dans son Pays, ce qui fait de lui le Kage d'Ame
Il semble également doté d'une grande cruauté, faisant assassiner tout l'entourage de Hanzou (même les bébés ) sans oublié ces clients
Pein tue également ceux qui menacent ses idéaux
C'est quelqu'un de très puissant et très cruel, une seule p'tie erreur de votre part envers lui, et c'est la mort assuré

Il dit à Hidan que, pour lui, toutes les raisons sont bonnes pour se battre ce qui montré qui na jamais peur
Il semble donc aimer la guerre

Au chapitre 373 il racontre Jiraya mais cette fois si en tant qu'adversaire
Ce combat se terminera par la mort de Jiraya après que ce dernier découvrit la véritable identité de Pein Secret qui sera dévoilé dans le chapitre 407 grâce à Naruto qui aida à déchiffrer le code que Jiraya avait gravé sur le dos de l'ermite des grenouilles le code étant « le vrai n'est pas parmi eux », ce qui suggère que les corps sont contrôlés par une seule et même personne comme s'ils étaient des marionnettes donc qui reste a croire que le vrai n'est pas sur les 6 Pein, et que celle-ci se trouve à une certaine distance des corps
Au chapitre 429, on apprend que c'est Nagato qui contrôle les 6 Pein

Il nous dévoile son véritable objectif "créer un ultime kinjutsu avec les Bijuus" capable de détruire un Pays d'un seul coup sur le principe d'une arme de destruction massive

Pour lui le monde sera meilleur si tout le monde ressente la souffrance